为发现和监测动物中可能感染人类的病原,该项目基于华大自主研发的高通量实验和分析平台,致力于获取动物来源的混合或分离株样品的病原基因组及其溯源信息,并结合样品背景信息进行数据挖掘,鉴定新的人畜共患病原,预测潜在的跨物种事件以及进行病原溯源研究。通过该数据库的构建,促进形成更加主动的疾控预防机制,并为发现预测已有和潜在的人畜共患病原提供坚实和全面的数据支撑。
新型冠状病毒肆虐全球,对人类的公共健康与经济活动造成了灾难性的影响。来自于蝙蝠和穿山甲的近缘病毒序列表明新冠病毒很可能源自于脊椎动物。事实上,大部分新发的传染病原都起源于动物。近年来国内外已发起若干旨在从动物群体中发现监测潜在人畜共患病原的大型项目。如美国国际开发署于2009年发起的PREDICT项目,耗资超过2亿美元,已搜集超过十万份样品和发现上千种新病毒。在2018年,多国科学家更发起了全球病毒基因组计划(The Global Virome Project),旨在发现自然界中所有可能威胁人类健康的病毒,以便及时应对可能出现的疫情,预计成本达数十亿美元。监测潜在的人畜共患病原对于理解病原进化传播以及保障人类生命健康意义重大,然而该类型项目的高效开展却深度依赖于大规模样品测序及对应的大数据管理的平台能力。
华大基因自主开发出了全球领先的自动化建库平台和超高通量测序体系,大大提升了样品处理通量的同时也极大降低了建库测序成本,测序仪和测序试剂的国产化也保证了不会被海外供应商所掣肘。同时,天量的病原测序数据也得以通过华大基因的超大规模生物信息计算分析平台进行快速分析,从而实现数据获取、存储、分析的贯穿。
因此,随着该项目的开展,深圳华大生命科学研究院现发起全球病原数据库(Global Pathogen Database Project)计划,目的是在基因组层面上检测和发现动物中可能感染人类的病原。全球病原数据库计划(Global Pathogen Database Project)计划在2022年底前支持各科研团队通过华大的实验和测序分析平台共同获取至少20万份动物来源的混合样或分离株样品的病原基因组数据,并结合其样品背景信息(宿主、地理分布等)进行大数据挖掘,鉴定新的人畜共患病原,预测潜在的跨物种事件以及进行病原溯源研究。数据库中的病原物种将涵盖来自全球各地野生及家养动物的病毒,细菌,真菌,和寄生原虫,蠕虫等生物。该计划将按病原物种大类分阶段推进。鉴于RNA病毒较快的变异速度和当前对公共卫生的严重影响(新型冠状病毒),我们将首先支持对未知RNA病毒的检测与分析。
全球病原数据库计划首轮试运行为2020.8.20-2020.12.31,华大将通过合作共享的形式支持广大高校、科研机构、医院等单位进行病原基因组的测序、组装注释与分析。参与本计划的成员团队将与华大共享产出的病原基因组数据以及分析结果的使用权,并携手合作以专辑、专刊或高影响力文章的形式发表成果,作者名单也将按贡献排序。只要成员团队具备或者能够挖掘大量病原样品资源且能分配实验人员从事相关研究,华大将提供详细的病原样品实验步骤文档与远程技术支持。希望通过该数据库的构建,为发现预测已有和潜在的人畜共患病原提供坚实而全面的数据支撑,并促进形成更加主动的疾控预防机制。
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